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El lactitol (y otros sustratos que se emplean para realizar la prueba, como la lactulosa) no se absorbe en el intestino, por lo que normalmente es utilizado como laxante debido a sus propiedades osmóticas. Sin embargo, cuando existe un sobrecrecimiento bacteriano, la microbiota presente en el intestino delgado metaboliza el lactitol, generando gases de hidrógeno y/o metano. Éstos son absorbidos, pasan al torrente sanguíneo y son transportados por la sangre hasta los pulmones, donde son eliminados con el aire espirado. Así, un aumento de la concentración de estos gases en el aliento tras la administración de lactitol a unos tiempos determinados indica que está siendo metabolizado por las bacterias del intestino delgado y, por tanto, nos encontramos ante un diagnóstico de sobrecrecimiento bacteriano.

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